Dans le cadre des accords bilatéraux qui lient l'Université de Strasbourg à de nombreuses universités japonaises, le département d'études japonaises entretient des relations scientifiques avec plusieurs universités :
- Hôsei
- Waseda
- Tôyô
- Université de Kyôto
- Université de Tôkyô
- etc.
Il bénéficie des programmes d'échanges avec ces universités, permettant d'envoyer des étudiants strasbourgeois en séjour d'études au Japon dans le cadre du Master d'études japonaises.